征地批復雖被認定為違法，但未被撤銷，征收部門有權根據征地批復開展征收工作，所作出的出讓合同也是有效的。征收部門作出的征收補償決定違法，不撤銷征收補償決定的，被征收人可以申請行政復議或者提起行政訴訟，請求撤銷征收補償決定。
法律依據《國有土地上房屋征收與補償條例》
第二十六條房屋征收部門與被征收人在征收補償方案確定的簽約期限內未達成補償協議，或者被征收房屋所有權人不明的，房屋征收部門應當向作出房屋征收決定的市、縣級人民政府報告，依照本條例的規定，根據征收補償方案作出補償決定，並在房屋征收範圍內予以公告。
中華人民共和國行政復議法
第十四條對國務院部門或者省、自治區、直轄市人民政府的具體行政行為不服的，可以向作出具體行政行為的國務院部門或者省、自治區、直轄市人民政府申請行政復議。對行政復議決定不服的，可以向人民法院提起行政訴訟；也可以向國務院申請裁決，由國務院依照本法規定作出終局裁決。