《政府采購法實施條例》第六十壹條采購人發現采購代理機構有違法行為的，應當要求其糾正。采購代理機構拒不改正的，采購人應當向本級人民政府財政部門舉報，由財政部門依法處理。采購代理機構發現采購人以不合理的條件或者其他不符合法律法規和政府采購政策的內容區別對待或者歧視供應商的，或者發現采購人有其他違法行為的，應當建議其改正。采購人拒不改正的，采購代理機構應當向采購人的同級人民政府財政部門報告，由財政部門依法處理。
政府采購代理機構管理的最新具體辦法尚未出臺。《政府采購代理機構管理辦法(征求意見稿)公開征求意見的通知》於6月24日發布，1165438，預計2007年6月正式實施。