對於作為外藩的蒙古，清朝專門制定了《蒙古法》和《範麗元規》，規定了蒙古盟旗制度的基本運作模式，以及蒙古黃教喇嘛的相關事例，還規定了普通蒙古遊牧民族觸犯法律時應受到的懲罰。
對於西藏，清朝設立了主管西藏事務的大臣，並先後制定了《西藏平反裁量條例》第十三條和《西藏平反條例》(著名的《欽定憲法》)第二十九條，分別對地方宗教管理、官職、駐軍、外交、貨幣、貿易、司法等方面作出了明確規定。其中，在西藏影響最大的制度是“金瓶抽簽”，清朝從中規定了尋找藏傳佛教活佛轉世的辦法。
清朝的親家庭政策
對新疆而言，清王朝編撰的《回疆條例》規定了蕙子伯克制的基本運作模式，包括官職設置、品級、繼承、任用、辭官、廉潔等。此外，對於民事案件和壹些輕微的刑事案件，清朝允許當地宗教人士前來審判。
對於苗族地區，清朝實行改地為流的政策，規定:“苗族的風俗習慣與內地人不同。後來苗人之間的糾紛都是按照苗的例子來結束的，不用打官司。涉及兵、民、熟苗的案件，轉文職的仍由文員辦理，轉武官的仍由武義辦理。”這裏說的苗案指的是苗族的習慣法，官法自然指的是大清法。只涉及苗族，不涉及漢族和成年苗族的案件，按照苗族的傳統習俗辦理。
此外，對於青海，清朝也有《青海善後十三條》、《青海禁律十二條》等立法，並以西寧青海樊沂為例。