不同的大學由不同的部門管理，比如985、211大學大部分由教育部直接管理，而省市重點大學、民辦大學等學校大部分由省教育廳或教育局管理；市屬高校和省屬高校壹般由地方政府管理，投資建設主要由地方政府出資，不歸教育部直接管理。
重點大學壹般都有教育部之類的主任。比如北京大學、清華大學、中央音樂學院、中央戲劇學院、復旦大學、上海交通大學、南京大學、東南大學、浙江大學、華中科技大學、武漢大學、武漢理工大學、華中師範大學、華中農業大學等教育部直屬院校。
大學不歸教育局管。不同的大學由不同的部門管理，主要看學校的水平。具體歸屬主要看隸屬關系和投資人。市內壹般高校壹般由省教育廳主管，但211高校壹般都有下屬單位。
比如南京理工和南航屬於國防科工委管理，北京理工屬於兵工集團，北航屬於航天集團。省屬高校由教育部門管理，如南京工程學院，由市教育局管理的很少。壹般由當地教育局或教育部門管理。但是每壹個教育機構，當地教育部門都有管轄權，只是配合而已。