去行政化後，不可避免的問題是學校該如何運作，這就需要大學自治。大學自治的關鍵是權力不應幹涉，這樣大學才能作為壹個學術實體自治。從歐洲大學的成長過程來看，壹所大學的歷史就是大學自治的歷史。如何找到上級支持大學又不幹涉的好辦法？壹個起點是制定大學章程。
《中華人民共和國高等教育法》明確規定，所有大學都必須有章程。但是，該法的許多條款沒有得到執行，因為它沒有規定對違法行為的懲罰。沒有懲罰，就沒有約束力，誰都敢破壞。中國高校自主辦學的第壹步是認真執行法律。每個大學都應該制定自己的章程，不僅規定應該怎麽做，還規定違反者如何懲罰，這樣所有的人都會對學校的章程心存敬畏。在政府資助教育的背景下，大學自治應有法律依據，以保障自治權。？
校長治校，教授治校？？
教授治校是蔡元培先生管理大學的核心理念。但是，教授的治法太籠統了。後來蔣夢麟將其修改為“教授治校、校長治校、教職員工治校、學生治學”。“教授治校，校長治校”的觀點符合教授的職責和教育規律。
但學校裏教授的權益必須得到尊重，主要體現在兩個方面:壹是教授民主選舉校長，學者選擇行政人員，這是理所當然的；第二，教授治校主要通過教授會議來體現。他們主要負責大學的學術原則、政策和誠信，監督校長行使權力。？在我國的現實中，教授治校和校長治校都是行不通的。核心問題涉及政治體制改革。我們必須把黨和政府分開。只有這樣，才能落實校長負責制，充分發揮教授的作用。