申請正式肥料登記證的程序:
1，農業部行政審批辦事大廳肥料窗口審查農業部肥料正式註冊申請或農業部微生物肥料正式註冊申請及相關材料，申請材料齊全，受理。
2、農業部肥料登記評審委員會根據有關規定對申請材料進行技術審查。
3.農業部種植管理司根據有關規定和評審意見提出審批方案，報種植管理司司長(部長委托)審批。
法律依據
肥料登記管理辦法
第五條實行肥料產品登記管理制度，未經登記的肥料產品不得進口、生產、銷售和使用，不得進行廣告宣傳。
第二十二條肥料產品包裝應有標簽、說明書和產品質量檢驗合格證。標簽和使用說明應為中文，並符合以下要求:
(壹)標明產品名稱、制造商的名稱和地址；
(2)標明肥料登記證號、產品標準號、有效成分名稱和含量、凈重、生產日期和保質期；
(三)標明適用作物、適用區域、使用方法和註意事項；
(四)產品名稱和推薦作物及地區應與註冊審批壹致。
禁止擅自修改已註冊批準的標簽內容。