洪武十三年，丞相胡因案受罰，赴中書省，廢除兩千多年的丞相制度，皇帝直治六部。洪武二十八年(1395)，六月，太祖禦風天宮對文武百官說:“自古以來，三公議道，六部大臣各司其職。自秦起為丞相，未立卒。
正因為如此，漢唐宋有智者，但多以小人壟斷政治。我設五府、六部、都察院、總政治部、大理寺等府辦，管理天下事務，不敢互壓，所以朝廷壹切平安。
嗣王不得立丞相，臣下敢邀立，文武百官立即瓦解，重判。但由於工作量巨大，洪武十五年(1382)，不得不在殿閣設大學士，為皇帝謀士。
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朱元璋在位期間，下令農民返耕，重賞墾荒；大力搞移民安置和軍營建設；組織當地農民興修水利工程；大力推廣種植桑、麻、棉等經濟作物和果木作物，他只會富民抑豪強；下令解放奴婢；減輕稅負，嚴懲貪官汙吏；派人到全國各地丈量土地，查賬等等。
朱元璋也很珍惜民力，提倡節儉。在朱元璋措施的推動下，農民生產積極性高漲。明初農業迅速發展，改變了元末農村的破敗景象。農業生產的恢復和發展促進了明代手工業和商業的發展。朱元璋的休養生息政策鞏固了新朝的統治，穩定了農民的生活，促進了生產的發展。
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