港珠澳大橋口岸采用“三地三檢”模式，由香港、珠海、澳門三地分別建設，各自獨立管轄，三地口岸24小時通關。
珠海公路口岸與香港口岸之間:自駕車和非自駕車旅客可24小時通關；
珠海公路口岸與澳門口岸之間:
非自駕旅客可在白天(8:00-22:00)進出海關，其他時間不開放。自駕車旅客24小時出入境尚未開放。
港珠澳口岸的目的地、開放時間和通關地點如下:
香港:8:00-22:00(白天非自駕出境)，珠海口岸旅檢大樓3樓出境大廳。
22:00-次日8:00(夜間非自駕出口)，0:00-24:00(自駕出口)。
澳門:8:00-22:00(白天非自駕出境)，珠澳旅檢大樓3樓出境大廳。
珠海:8:00-22:00(白天非自駕入境)，珠港旅檢大廈2樓入境大廳，珠澳旅檢大廈2樓入境大廳。
22:00-次日8:00(夜間非自駕車進入)和0:00-24:00(自駕車進入)。
根據港珠澳大橋的建設規劃，香港往返內地的旅客、車輛和貨物將通過大橋在人工島口岸通關。
自西人工島口岸開工建設以來，拱北作為人工島珠海公路口岸實行24小時全天候通關作業，打造最智能、最便捷的壹類口岸建設和籌備工作有序推進，體現最新科技的大型監管設施和設備陸續進場；包括“壹站式”卡口系統在內的7個平臺、近100個系統正在開發中。