做好組織協調、督查督辦、公文處理、信息溝通、信訪接待、綜合統計、對外聯絡、重要活動組織、綜合管理服務以及領導交辦的其他工作。下設文秘部、行政部、監察部、信息統計部、計生辦、小車隊等六個部門，負責各自職責範圍內的事務。？
校長辦公室負責學校行政事務的統籌協調和監督管理，負責學校的安全穩定和法律事務。主要功能有:
(壹)組織協調全校重要會議和重大活動，負責組織校長辦公會議，督促檢查重要文件、重要決議、重大決策和工作部署的完成和落實情況。
(二)負責學校行政文件的處理，負責學校重要文件和校領導重要講話的起草和撰寫。
(三)學校安全工作領導小組辦公室負責。
(四)協調和安排校領導的校務活動，協助校領導處理日常行政事務。
(五)負責學校信息數據的統計上報，負責學校信息公開。
(六)負責群眾來信來訪，協調和監督各職能部門的來信來訪工作。
(七)負責學校黨政印章和事業單位法人證書的管理和使用，維護校名、校徽、學校聲譽等無形資產。
(八)負責學校對口支援相關工作。
(九)推動國家和地方法律法規在學校的貫徹實施，審查學校頒布的各項規章制度的合法性。
(十)對學校的重大決策、重大經濟活動、重大合同進行法律風險評估，負責協調處理學校仲裁、訴訟等法律事務。
(十壹)負責華東農林水利大學校長合作會議的日常事務。
(十二)負責學校北京秘書處的管理和服務。
南京農業大學-校長辦公室職能