非法占用農用地罪的立案標準是:未經政府主管部門批準非法占用農用地，或者批準的話，批準壹處使用壹處，批準少用多用，批準用於這種非農牧業用途並應用於這種非農牧業建設用途，或者批準作為臨時用地長期占用。同時還應包括未經批準的土地租賃或以土地作為抵押物的土地投資、合作經營等經營活動。非法占用農用地罪的立案標準；
1、非法占用耕地“數量較大”是指非法占用基本農田五畝以上或者非法占用基本農田以外的耕地十畝以上；
2、非法占用耕地“造成耕地大量毀壞”，是指非法占用耕地建窯、建墳、建房、挖砂、采石、采礦、取土、堆放固體廢棄物或者進行其他非農業建設，致使五畝以上基本農田或者十畝以上基本農田以外的耕地的種植條件受到嚴重破壞或者嚴重汙染的行為。
法律依據:
《最高人民法院關於審理破壞土地資源刑事案件具體應用法律若幹問題的解釋》第三條違反土地管理規定，非法占用耕地改作他用，造成耕地大量毀壞的。依照刑法第三百四十二條的規定，以非法占用耕地罪，處五年以下有期徒刑或者拘役，並處或者單處罰金；
(壹)非法占用耕地“數量較大”是指非法占用基本農田五畝以上或者基本農田以外的耕地十畝以上；
(二)非法占用耕地“造成耕地大量毀壞”是指行為人非法占用耕地建窯、建墳、建房、挖砂、采石、采礦、取土、堆放固體廢棄物或者進行其他非農建設，致使基本農田五畝以上或者基本農田以外的十畝以上耕地的種植條件受到嚴重破壞或者汙染的。