(1)在行政慣性和部門利益的驅動下，各部門不願意依法放棄行政審批權及其背後的利益，這是這部法律實施面臨的最大問題之壹。表面上看，《行政許可法》實施遇到以下問題:行政審批制度改革不到位，新舊銜接遺留問題，但深層原因是隱藏在行政許可背後的利益機制；
(2)法律約束與自由裁量行政之間的張力；
(3)行政機關長期的官僚意識與社會發展不同步。
3.《行政許可法》涉及既得利益的調整和再分配，直接挑戰“誰有權力，誰有責任”的舊審批模式。鑒於來自法律和行政機關的障礙，為保證法律的有效實施，需要采取以下對策:在法律方面，需要制定行政許可法實施細則，建立相關配套法律規範，進壹步細化和落實行政許可法的立法理念。
4.在實施細則或配套制度的制定上，首先要註意在概念、信賴保護原則、設定權、實施、程序、監督、法律責任等方面對《行政許可法》進行修改。其次，要完善國家賠償法；加強電子政務立法；依法規範行業組織和中介組織，防止變相轉讓行政許可權；制定信息公開法。就行政機關而言，首先要重構行政理念，以人為本，變管理為服務，倡導法律意識，樹立誠信意識；其次，完成行政許可清理的後續工作；最後，建立健全實施行政許可法的配套制度，包括統壹行政許可受理制度、行政許可告知制度、行政許可公示制度、行政許可審查決定制度、行政許可監督檢查制度、行政許可責任追究制度等。