明朝(公元1368 ~ 1644)和1369年(明洪武二年)，朱元璋命南方將軍唐河處理東南防務。唐和他手下的兩名指揮官在秀山島幹預當地居民的民事糾紛時被殺害。唐河對舟山人民很生氣，上奏朝廷說:“郭昶居民外有仇人，內有賊人多。”是“不可救藥的頑民”，是“邊防之大禍”，決心廢除縣治，趕走島民。朱元璋聽了唐河的匯報，寫了壹封信，撤回郭昶郡，並把島民全部遷到大陸。聖旨頒布後，郭昶府魏紫澳人王國佐認為這是大謬，到南京與朱元璋爭論，認為舟山島民不能遷入。為此，朱元璋做了調整，同意留下部分居民，即城內四裏之內的547戶，8085人可以留下，其余46個島上居民全部趕到內地。這就是舟山歷史上著名的第壹次海禁。
郭昶縣撤銷後，史書開始稱郭昶為舟山。“舟山”是民間的，或因島上“山形如舟”而得名，或因“漁船雲集於此”而得名。
雖然移民令頒布實施，沒有縣政府，但實際上很多居民陸續返島，逐漸打破限制，沿海漁民不可避免地靠泊舟山，或避風，或補充淡水食物。明朝嘉靖年間(1522-1566)，舟山群島共有6005戶。
明末清初，部分明末遺民擁戴魯王朱彜海為“監國”，於1649(清順治六年)遷至舟山，與清朝展開攻防戰，歷時十余年，直至清康熙初年。
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