《條例》第十壹條規定，“在國內外具有典型意義、在科學上有重大國際影響或者有特殊科學研究價值的自然保護區，列為國家級自然保護區”。
《條例》第十二條規定:“建立國家級自然保護區，由自然保護區所在地的省、自治區、直轄市人民政府或者國務院有關自然保護區行政主管部門提出申請。經國家級自然保護區評審委員會評審後，由國務院環境保護行政主管部門協調提出審批意見，報國務院批準。”
截至2013年底，全國共有國家級自然保護區407個。黑龍江是目前中國國家級自然保護區數量最多的省份，達到33個；第二名是四川，28個名額；第三名是內蒙古，27個名額。湖南(23位)、陜西(22位)、廣西(21位)、雲南(20位)、福建(15位)也超過或達到20位。
2014 12國務院辦公廳印發《關於公布內蒙古畢拉河21新建國家級自然保護區名單的通知》，批準建設21國家級自然保護區。至此，我國國家級自然保護區已達428個，總面積93萬平方公裏，占國土面積的9.72%。
2015年3月28日，黑龍江黑瞎子島晉升為國家級自然保護區。