第壹，性質不同
1，海關
指根據所在國(或地區)的法律和行政法規行使進出口監督管理職權的國家行政機關。
2.海事安全局
中華人民共和國海事局是指在1998由原中華人民共和國港務監督局和中華人民共和國船舶檢驗局合並而成的交通部直屬機構。？
第二，實質不同
1，海關
國家行政機關。
2.海事安全局
中華人民共和國交通部。
第三，職能和責任不同
1，海關
根據《中華人民共和國海關法》，中國海關有四項職能:監管、征稅、走私調查和海關統計。
2.海事安全局
根據國務院辦公廳、中央機構編制委員會辦公室等有關文件精神，中華人民共和國海事局(交通運輸部海事局)為交通運輸部直屬行政機構，實行垂直管理體制，履行水上交通安全監督管理、船舶及相關水上設施檢驗登記、防止船舶汙染、航行安全等行政執法職責。
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