例如，碳排放是有爭議的。雖然我們壹直追求的目標是增長與環境的協調，但往往很難兩者兼得。中國仍處於發展階段，過度限制碳排放無疑會對經濟增長造成壹定影響。據經濟合作與發展組織(OECD)數據庫統計，世界上只有英國、日本、美國(部分地區)等十幾個國家和地區征收二氧化碳排放稅。從某種意義上說，雖然世界各國都在關註二氧化碳排放的問題，但具體需要征稅的國家並不多，各國還是比較謹慎的。
此外，環境保護稅沒有將移動汙染源納入征稅範圍。首先，我國的汙染是否主要由機動車等移動汙染源造成，存在爭議。
其次，在車輛購置稅和車船稅的設計上，我國考慮了不同車輛排量的征稅。再者，我國消費稅除了對車輛征稅，還對成品油征稅，成品油已經成為我國消費稅的主要稅源。所以，如果再對移動汙染源征收環保稅，就會涉及到重復征稅的問題。雖然環境保護的稅制應該包括多個稅種，包括生產環節的資源稅、排放環節的環境保護稅和消費稅，但在征稅範圍上仍應考慮稅種之間的協調。
法律依據:根據《中華人民共和國環境保護稅法》規定，納稅人應向應稅汙染物排放地的稅務機關申報繳納環境保護稅。運輸、填埋固體廢物的，應當向固定廢物排放地的稅務機關申報繳納環境保護稅。從事海洋工程的納稅人向中華人民共和國管轄海域排放應稅大氣汙染物、水汙染物或者固體廢棄物申報繳納環境保護稅的具體辦法，由國務院稅務主管部門會同國務院海洋主管部門制定。