1，法律法規規章沖突不協調。
中央政府制定的法律法規與已經生效的地方性法規相抵觸，環境保護法與其他相關法律相抵觸。由於立法上的沖突，實踐中人們在環境行政執法中往往無所適從，法律的尊嚴大打折扣。①
2、法律法規滯後，立法過於原則和粗糙。
改革開放30多年來，中國發生了翻天覆地的變化，新的汙染類型的出現以及相應的新的保護方式並沒有在法律上得到體現。有許多法律真空地帶，如有毒化學品和鄉鎮企業的環境管理。但是，仍然缺乏全面的法律規範體系來調整生態和資源保護。在行政執法程序上，也是規定較少，不夠全面細致。法律規定過於原則和抽象，實踐中難以操作。
3.執法主體權責不清，執法力度不足。
我國《環境保護法》實行環境保護行政主管部門主管與其他相關部門分管相結合的管理模式，有很多部門有權行使環境管理權。在實踐中，對於具體部門的內容沒有明確的界限，也沒有確切的規定。執法責任範圍不明確，出現責任時各部門相互推諉，嚴重影響環境執法的有效性。
我國環保部門的執法權是受法律約束的，不能像工商、稅務等部門壹樣有查封、凍結、扣押、沒收等強制手段。沒有強有力的法律授權，嚴重影響執法效果。
4.行政幹預和地方保護主義
環境保護和地方保護是社會經濟發展階段突出的壹組矛盾。“正如和平、善意、互助和安全的狀態與敵對、惡意、暴力和互相殘殺的狀態有很大不同。”(2)打著保護和發展的旗號保護汙染，縱容環境違法行為，輕視環境汙染的危害，幹擾環境行政執法。