事件發生後，民航華東地區管理局成立事故調查組，開展了現場勘查、公司人員筆錄、證人訪談、視頻監控、氣象信息采集、海事衛星數據采集、飛行數據解碼分析等工作。
民航華東地區管理局成立事故調查組進行調查。由中國民航局主辦的中國民航安全信息系統公布了這起事故的調查報告。調查組發現，飛機在人工增雨作業過程中，長時間在結冰條件下飛行。
機翼和螺旋槳嚴重結冰，機組未能有效控制飛機結冰風險，隨後飛機失速進入螺旋，最後墜地起火。這壹事件構成了機組人員造成的重大通用航空事故。
墜機前的失速螺旋處置過程中，副駕駛忙著溝通，機長沒有制止。在處理特殊情況的過程中，單位“幾乎沒有溝通”，無法打破個人可能有的單壹關註渠道。
從2018到事發當天，北大荒通航還缺乏飛機基本空重、平衡表等必要數據，尤其是設備安裝後飛機重量、重心等準確數據。飛行員根據不準確的數據進行負載平衡和性能計算，存在操作風險。
江西省委、省政府主要領導立即作出批示，要求全力做好搜救工作。江西省應急、氣象、民航監管部門主要領導迅速趕赴現場。吉安市、縣黨委、政府立即啟動應急預案，組織應急、消防、公安力量迅速開展救援。
除涉事航空公司外，華東空管局江西分局還被要求對南昌區域管制員進行航空器特殊情況知識培訓，以提高管制員特殊情況處置的管制服務水平。