五代以後，周顯德於958年建縣，郡址在東周鎮，名海門郡。
隨著長江主航道北移，到明朝中期，境內大片土地塌陷到呂四、魚洞、四甲壹線，縣治遷至徐建(今南通任新)。
並廢縣並入通州，建靜海鄉。
清初，江水南流，長江北岸開始堆積，新沙四十余起，綿延百余裏。
乾隆三十三年(1768)，設立江蘇海門直隸會館，設在毛家鎮。
民國元年(1912)，改稱海門縣。
1949年，中華人民共和國成立後，海門人民保護邊坡不塌陷，鏟除塌陷。
海門縣屬於江蘇南部行政區域南通區(江蘇省南通區1953，江蘇省南通區4月1955，江蘇省南通區4月1971)。
1983年實行市管縣體制，南通地區撤銷，設立地級南通市，海門縣劃歸江蘇省南通市。
1994年6月撤縣設市，設立海門市，隸屬南通市，海門市人民駐海門街道。