針對妳的問題，如果朋友借用公司的合同專用章，簽訂工程合同，並在簽訂合同時承諾工程款到公司賬戶，但甲方完工後不到公司賬戶，那麽在五年保修期內會出現工程質量問題。在這種情況下，如果甲方要求公司承擔保修責任，公司可以依據相關法律法規進行抗辯。個人借用公司合同專用章的，應當承擔賠償責任。
具體來說，如果朋友在沒有得到公司明確授權的情況下，使用公司合同章簽訂合同，那麽他的行為可能是無權代理，甚至是欺詐。這意味著公司與甲方之間的合同可能無效或被取消。因此，公司可能不需要承擔保修責任。
但具體情況需要根據具體的法律法規和合同條款來判斷。如果甲方堅持要求公司承擔保修責任，那麽最好的辦法就是尋求法律咨詢，或者通過法律途徑解決這個問題。