首先，克隆人的安全性無法保證。在世界各國科學家克隆動物的實驗中，人們發現克隆的動物存在生理缺陷。如果克隆的嬰兒不是正常嬰兒，而是“怪物”，那麽對進行克隆實驗的人會承擔怎樣的道德和法律責任？而且克隆的危險不僅存在於克隆嬰兒身上，還可能影響到接受克隆嬰兒的母親。在克隆動物的實驗中，已經出現了很多雌性動物植入克隆胚胎後死亡的案例。
其次，克隆人會帶來道德、人權、人口壓力等問題。克隆人會導致人際關系的混亂，性別比例的失衡，以及個人和群體的歧視和羞辱。也會使我們面臨諸如克隆人是否是人，克隆人是否可以作為工具、作為研究對象、作為醫學工具等倫理問題；如果基因控制可以“改善人類物種”，那麽富人可能有更好的機會在智商和體質上超越壹般人，人類的分化會不會進壹步加劇？種族主義的沈澱物是否會出現。
再次，利用克隆技術培養具有特定生理性狀的人，是對人類作為自然物種壹部分的發展的越界幹預。如果不限制這種技術，就會破壞每個人的“獨特基因”。