允許歷史遺留的“違法建築”進行不動產登記，壹方面是為了保證其暫存期限與合法房屋在登記義務上的壹致性——只有登記並繳納登記費後，房屋才能被占有、使用和受益；另壹方面，有利於新壹輪城市建設中“違法建築”的“摸清情況”。根據《國有土地上房屋征收與補償條例》第二十四條第二款規定，作出房屋征收決定前，市、縣級人民政府應當組織有關部門依法對征收範圍內未登記的建築物進行調查、認定和處理。那麽，通過對存量“違建”進行預登記，無疑將為具體征收過程中的查處提供極大的便利。
此外，對於違法建設行為人，不動產登記可以確定其對建築物的產權邊界。因為歷史遺留的“違法建築”是允許暫存的，在暫存期間，建設行為人的財產所有權被默認為合法，所以這種權利的確認也會增加其財產安全系數。
(B)增加現有“非法建築物”的納稅義務
為配合上述制度建設，還應增加“違法建築”的納稅義務。這種操作路徑在國外，臺灣省，澳門都有。壹方面，對違法建設行為人征稅有助於建立合法的建設稅收公平和正常的市場秩序，避免不誠信者和違法者得利的“冤大頭”現象。另壹方面，也會使潛在的違法建設行為人考慮稅收的經濟負擔，抑制其建設積極性，從而達到遏制違法建設行為增加的目的。
法律依據:《國有土地上房屋征收與補償條例》第二十四條第二款。市、縣人民政府在作出房屋征收決定前，應當組織有關部門對征收範圍內未經登記的建築物依法進行調查、認定和處理。