(1)獨立性原則。獨立性是審計的生命。審計法第五條“審計機關依法獨立行使審計監督權，不受其他行政機關、社會團體和個人的幹涉”和兩辦條例第七條“審計機關依法獨立進行經濟責任審計，任何組織或者個人不得拒絕、阻撓、幹涉或者打擊報復”是審計機關和審計人員依法獨立開展經濟責任審計、認定經濟責任的法律依據。審計、紀檢、監察、人力資源社會保障、國有資產監督管理等部門建立經濟責任審計聯席會議制度，經濟責任審計要聽取相關單位意見，都不會有壞處，因為最終認定違紀行為、認定經濟責任的主體還是審計機關。但要防止以下兩種情況:壹是以尊重聯席會議成員單位意見為借口，盲目接受與會人員對問題的看法和責任認定意見；二是以維護審計獨立性為名，不按兩辦《規定》聽取聯席會議成員單位意見，完全自行其是。
(2)合法性原則。審計法規定:“審計機關依照法律規定的職權和程序進行審計監督”。可以說，依法審計是各種審計的前提，當然也包括領導幹部的經濟責任審計。依法審計要求審計機關和審計人員在審計評價、審計定性、審計處理、審計責任界定等方面有明確的法律依據，不能在沒有法律支持的情況下做出判斷。任何情況下，審計機關和審計人員把政策沒有規定的事項作為問題提出來，與被審計領導幹部應當承擔的經濟責任等同起來，都是不嚴肅的。