根據新的實施方案，國家有關部門將在今年年底前對新疆棉花平均市場價格進行監測。如果市場平均價格低於目標價格，國家將給予補貼。如果市場平均價格高於目標價格，國家將不給予補貼。
棉花市場平均價格低於目標價格的，國家根據目標價格與市場平均價格的差額和國家統計局核定的棉花產量，向自治區撥付補貼資金。自治區將根據補貼總額、南疆四地州基本農戶種植面積、銷售總額計算補貼標準。
法律依據:《棉花財政補貼專戶管理辦法》
第二條本辦法適用於中央財政撥付的國家儲備棉利息和費用補貼、棉花收購差價和利息補貼、新疆棉花銷售配額補貼、出口棉花虧損補貼等資金的管理。
第三條財政部門負責補貼資金的撥付、清算和監管。農業發展銀行負責補貼資金專用賬戶設置和櫃臺劃撥監管。供銷社和財政部門負責補貼資金的使用和管理。地方供銷社棉花收儲企業負責補貼資金專用賬戶的開立和匯繳。