1.根據《民事訴訟法》第二十八條:“因鐵路、公路、水路、航空運輸和聯合運輸合同糾紛提起的訴訟，由運輸工具始發地、目的地或者被告住所地人民法院管轄。”因此，A市和B市的法院擁有管轄權。
2.根據《民事訴訟法》第三十五條規定:“兩個以上人民法院都有管轄權的訴訟，原告可以向其中壹個人民法院起訴；原告向兩個以上有管轄權的人民法院提起訴訟的，由最先立案的人民法院管轄。”最先立案的法院管轄後，另壹個受訴法院沒有立案的，不得再次立案。已經立案的，決定移送最先立案的法院(民事訴訟意見33號)。
3.《民事訴訟法》第三十七條:“有管轄權的人民法院因特殊原因不能行使管轄權的，由上級人民法院指定管轄。
人民法院之間因管轄權發生的爭議，由爭議雙方協商解決；協商不成的，報請上級人民法院指定管轄。“在此基礎上，由法院先行協商，協商不成的，提交* * *向上級法院指定管轄。
4.由於本案屬於客運合同糾紛，學生要求運營公司違約賠償，所以屬於賠付的訴訟。