日軍發現中途島上沒有飛機，於是率領攻擊部隊的艦長友吉建議進行第二次攻擊。由於當時沒有美國航母部隊的消息，南雲下令將原本掛載在艦上的轟炸機掛在地上，準備進行第二次攻擊。
但就在這個時候，日本偵察機發現了美國艦隊，第二航空隊的指揮官少將·山口多文建議立即攻擊。但是，那雲鐘毅的參謀長少將釧路佑之和航空參謀官尊達表世中佐反對，建議收回從中途島返回的飛機，發動聯合攻擊。
於是南允中決定回收飛機，重新改裝機上飛機武裝艦艇，這也是他的致命錯誤。由此，美軍對航母艦隊實施了致命打擊。
擴展數據:
中途島戰役，美軍僅損失壹艘航母，1驅逐艦，147飛機，307人陣亡。而日本則損失了4艘大型航母，1艘巡洋艦，332架飛機，數百名經驗豐富的飛行員和3700名船員。
日本海軍從此失敗了。為了掩蓋自己的慘敗，避免打擊部隊士氣，6月10日，日本電臺播放了壹首響亮的海軍歌曲，宣稱日本已經“成為太平洋地區最強大的國家”。當慘敗的艦隊筋疲力盡地返回駐地時，東京舉行了燈籠遊行慶祝勝利。
美國海軍負責人事後評論說:“中途島戰役是日本海軍350年來第壹次決定性的失敗。結束了日本的長期攻勢，恢復了太平洋的海軍力量平衡。”同時，這場戰爭也給日本高層造成了不可挽回的創傷。這段痛苦的記憶壹直縈繞到二戰結束，讓他們無法對戰局做出清晰的判斷。
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