當地市、縣人民政府及其有關部門需要對本行政區域內棚戶區房屋的實際情況進行調查，制定本區域的改造計劃，並將改造計劃報重大項目建設指揮部辦公室，由指揮部辦公室召集其他有關部門共同對改造計劃的可行性和公益性進行審查。
征詢意見，辦理手續
改造方案確定後，當地市、縣人民政府需要組織有關部門征求改造項目範圍內房屋所有權人和公有住房承租人的意見。如果大多數房屋所有者和公共住房租戶同意改造，那麽政府可以確定相應的擬議征收範圍。改造確定後，各地部門將簡化審批手續，加快棚戶區改造項目。
暫停處理、調查和登記
暫停期限的規定與《國有土地上房屋征收與補償條例》的規定相同。在確定征收範圍後，當地市縣人民政府將發出停工通知書，要求壹年內禁止搶建、擴建、新建房屋的行為。同時，房屋征收部門還組織對被征收房屋進行實地調查，包括權屬、用途、建築面積等，並予以公告。
提前要方案，簽協議
棚戶區改造對安置補償方案也有要求，批準的安置補償方案需要在房屋征收範圍內征求被征收人的意見。被征收人對安置補償方案不滿意的，可以提出書面意見。如果大部分被征收人有意見，被征收人還需要召開聽證會，根據聽證會和公民意見修改方案。方案通過後，代收人將組織被許可人簽訂附生效條件的預收協議。
決定征收或補償
市、縣兩級人民政府作出征收決定後，預征收協議與正式協議壹樣生效。簽訂協議的，征收人按協議進行補償；如果沒有簽訂協議，相關部門會重新做出補償決定。
強制執行
在征收補償決定規定的期限內不搬遷的，被征收人可以申請人民法院強制執行。