從行政法理論上看，根據立法法關於效力層級的規定，不同層級的法律之間應當貫徹“上位法優於下位法(如憲法優於法律，法律優於條例)”的原則；同壹機關制定的法規之間，應當堅持“特別法優於壹般法”和“新法優於舊法”的原則。根據這三個公認的原則，行政強制法和稅收征管法都屬於全國人大常委會制定的法律，法律位階是壹樣的；與行政強制法相比，稅收征管法是特別法與壹般法的關系。特別法優於壹般法的，稅務機關實施稅收行政執法時應當適用稅收征管法。但是，行政強制法和稅收征管法是新舊法的關系。新法優於舊法的，優先適用行政強制法。單純根據這兩個原則來判斷，會產生矛盾。劉劍文、侯卓認為，從邏輯上講，所謂“新法優於舊法”只適用於新總則與舊總則之間，或者新特別規定與舊特別規定之間；但是，在新的壹般規定和舊的特別規定之間，或者在新的特別規定和舊的壹般規定之間，不存在適用“新的法律優先”規則的問題。因此，行政強制法對稅收征管法中沒有設計的同壹具體問題作出制度安排時，需要判斷是沒有原有內容的新規定，還是同壹問題的不同規定；行政強制法未規定稅收征管法規定的程序的，仍適用稅收征管法；當兩個法律在某個問題上只有微小的分歧時，就要從實際出發考慮效率和公平。
當兩部法律對同壹問題的規定不壹致時，理論上根據《立法法》第85條規定，“法律之間對同壹事項的新的壹般規定與舊的特別規定不壹致，不能確定如何適用時，由NPC人大常委會作出裁定。”來解決它。但從行政效率的角度來看，提交裁定書的方式缺乏可操作性。