如果是強制隔離，且員工沒有違法違規行為，員工因自身原因需要隔離的，隔離期間的工資支付有以下幾種選擇:
1.如果隔離期間可以通過協商在家靈活工作，公司會按照正常出勤發放工資。
2.如果員工在隔離期間不能工作，公司將向員工支付固定的工資部分，包括基本工資和崗位工資等。績效、提成、獎金、餐補、車補等非固定工資組成部分可能不予支付。
如果屬於居家隔離、外地返回造成的隔離等民間強制隔離，這種隔離不屬於《傳染病防治法》中的隔離，其工資支付有以下選項:
1.如果隔離期間經過協商可以在家辦公，公司應該按照正常出勤發放工資。
二、隔離不能工作期間，工資有以下兩種選擇:
1.經協商，公司(主要根據企業意向)安排員工使用各種帶薪假期，如年假、自行設計的福利假、公休等。(事假不是帶薪假)，因為這些假期都是帶薪假期，所以公司應該全額支付員工工資。在休完各種帶薪假後仍不能上班的，按第2種方式處理。
2.如果公司不安排員工利用各類節假日，且員工下班時間在壹個工資支付周期內(壹般為壹個月)，公司需要支付員工基本工資、崗位工資等固定工資組成部分；如果超過壹個工資支付周期，企業需要向員工支付生活費。生活費在不同的地方支付是不壹樣的。比如北京支付當地最低工資標準的70%，陜西75%，廣東80%，四川70%。
此外，還有壹些特殊情況:
1.因工作原因造成隔離的，企業應當按照員工正常出勤對待，並支付全額工資。
2.如果隔離是因員工未遵守防控要求造成的，則本案員工主張的工資不予支持。
隔離期間扣年假糾紛
目前隔離期年假的扣除是壹個爭議點，也有過相關案例研究，最後得出結論:
根據圖片，如果可以遠程辦公，企業應該優先考慮員工遠程辦公。如果沒有彈性工作制，那麽企業可以和員工協商扣除年假。但是對於員工和企業無法達成壹致意見的情況，如果扣除年假，這裏沒有說明。實事求是地說，如果公司有準許員工休假的證據，就有可能勝訴。
疫情造成的損失，無論是對員工還是對公司來說，都是壹個意外，所以這樣的損失不能由公司承擔，也不能由個人承擔。這種情況下，希望公司和員工好好協商，共渡難關。