如果公司的規章制度不是依法制定的，其內容與國家法律法規相抵觸，本身就是違法的，當然以法律法規為準。公司通過民主程序制定的規章制度不能違反國家法律、行政法規和政策，需要向職工公示。這樣的規章制度勞動者無法執行，勞動執法部門也應責令其廢止或修改。
《中華人民共和國勞動法》第四條
用人單位應當依法建立健全規章制度，保障勞動者享有勞動權利、履行勞動義務。
《中華人民共和國勞動法》第89條
用人單位制定的勞動規章制度違反法律、法規規定的，由勞動行政部門給予警告，責令改正；給勞動者造成損害的，應當承擔賠償責任。
二、地方性法規之間的沖突？
地方性法規與本條例不壹致的，由有關機關依照有關規定作出裁決。
《中華人民共和國立法法》第九十五條
地方性法規與規章不壹致的，有關機關應當按照下列規定作出裁決:
(壹)同壹機關制定的新的壹般規定與舊的特別規定不壹致時，由制定機關裁定；
(二)地方性法規和部門規章之間對同壹事項的規定不壹致，不能確定如何適用的。國務院提出意見。國務院認為應當適用地方性法規的，應當決定該地方適用地方性法規的規定；認為應當適用部門規章的，應當提交NPC常務委員會裁定；
(三)部門規章之間、部門規章與地方政府規章之間就同壹事項不壹致的，由國務院裁定。
根據授權制定的法律、法規如與法律規定不壹致，不能確定如何適用時，由NPC人大常委會決定。
其實從上面的分析可以看出，在我國，法律嚴格要求公司制度在制定時不得與法律相抵觸，但在與法律法規相抵觸的情況下，當然要遵守法律法規，也有可能會要求修改規章制度，如果規章制度明顯違法，可以聯系律師進行處理。