超市收銀員故意跑單的，全額賠償；如果是過失造成的，就部分賠償。法律規定因勞動者自身原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可以要求其按照勞動合同約定賠償經濟損失。如果超市故意收錯錢，應該是三倍賠償。經營者提供商品或者服務有欺詐行為的，應當按照消費者的要求增加賠償其受到的損失。增加賠償的金額為消費者購買商品的價款或者接受服務的費用的三倍，增加賠償的最低限額為500元。
超市存貨損失的處理方法:
1.內部審計:定期進行存貨審計，以確定存貨損失的原因；
2.流程優化:分析庫存損耗數據，優化庫存管理和商品存儲流程；
3.員工培訓:加強對員工的商品管理培訓，提高員工的防損意識和操作技能；
4.損失分配:在合法合規的前提下，根據公司政策合理分配損失；
5.責任追究:對於因員工失誤或違規操作造成的損失，依法依規追究責任；
6.保險理賠:對於壹些可預見的風險，通過購買保險進行風險轉移和損失補償。
綜上所述，員工因超市存貨丟失而導致的損失是違法的。收銀員故意跑單的，全額賠償，過失造成的，部分賠償。根據法律規定，用人單位可以要求勞動者賠償經濟損失。如果超市故意收錯錢，應該是三倍賠償。消費者可以要求增加欺詐經營者提供商品或者服務的賠償金額，最低為五百元，即購買商品的價款或者接受服務的費用的三倍。
法律依據:
工資支付暫行規定
第十六條
因勞動者自身原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可以要求其按照勞動合同約定賠償經濟損失。經濟損失賠償可從員工本人工資中扣除。但每月扣除額不得超過員工當月工資的20%。扣除的富余工資低於當地月最低工資標準的，按照最低工資標準支付。