1，造成訴訟延遲。壹般在重新鑒定程序啟動後，法院會中止案件審理，視鑒定情況恢復審理。
但是，如果考核對象在重新考核時不配合考核，則考核無法進行。因為鑒定結論長期無法確定，案件會久拖不決，甚至會超出審限，超期羈押。
2、影響案件的審理。鑒定結論能夠直接證明被害人或者當事人傷殘等級的；
影響到嫌疑人是否有罪，罪行是否嚴重，或者當事人承擔民事責任的大小，賠償的數額等。鑒定結論對案件的審理具有重要意義。
3.發起信訪問題。鑒定人不配合鑒定，導致重新鑒定失敗，不僅對案件本身影響很大，還容易導致投訴和來信。
第二，根據最高法院的司法解釋:
1.壹方當事人希望進行司法鑒定，另壹方當事人不同意的，應當認定鑒定結果對不同意方不利。根據對持不同意見的壹方不利的結果來判斷。
2.如果被告不同意，可以重新鑒定，法院可以給被告重新鑒定。
三。不同意司法鑒定的處理方式。
1.當事人壹方對司法鑒定意見有異議的，可以要求鑒定人出庭質證，也可以向法院提出重要的鑒定申請。
2.庭審中可以對鑒定人進行質證，以確定鑒定是否合法，鑒定意見是否正確，從而推翻鑒定意見。
3.如果直接向法院申請重新鑒定，需要向法院說明原鑒定意見錯誤的證據或理由。最後需要法院審核決定是否需要再次委托鑒定。
法律依據:
最高人民法院關於適用《中華人民共和國民事訴訟法》的解釋
第九十條除法律另有規定外，當事人應當提供證據，證明自己的主張所依據的事實或者反駁對方的主張。在作出判決前，當事人未能提供證據或者證據不足以證明其主張的，由負有舉證責任的當事人承擔不利後果。