根據NPC常委會2000年出臺的相關司法解釋，協助人民政府發放糧食補貼的村民委員會等基層組織人員，屬於“其他依法從事公共事務的人員”，符合貪汙罪主體。
根據《最高人民檢察院關於辦理貪汙賄賂刑事案件適用法律若幹問題的解釋》，貪汙數額在壹萬元以上不滿三萬元的，貪汙救災、搶險、防汛、優撫、扶貧、移民、救濟等特定款物的， 防疫和社會捐助，應當認定為刑法第三百八十三條第壹款規定的“其他嚴重情節”，處三年以下有期徒刑或者拘役，並處罰金。 糧食直補是對農民種糧的政策性補貼，應確認為“特定資金和物資”。因此，村長應當以貪汙糧食、直接補貼654.38+0.5萬元定罪處罰。
附《刑法》的相關規定:
第三百八十二條國家工作人員利用職務上的便利，貪汙、盜竊、騙取或者以其他方法非法占有公共財物的，是貪汙罪。
受國家機關、國有公司、企業、事業單位、人民團體委托經營管理國有財產的人員，利用職務上的便利，貪汙、盜竊、騙取或者以其他方式非法占有國有財產的，視為貪汙。
與前兩款所列人員串通，勾結貪汙的，以* * *犯論處。
第三百八十三條懲治貪汙罪的規定對貪汙的，根據情節輕重，依照下列規定處罰:
(壹)貪汙數額巨大或者有其他嚴重情節的，處三年以下有期徒刑或者拘役，並處罰金。
(二)貪汙數額巨大或者有其他嚴重情節的，處三年以上十年以下有期徒刑，並處罰金或者沒收財產。
(三)貪汙數額特別巨大或者有其他特別嚴重情節的，處十年以上有期徒刑或者無期徒刑，並處罰金或者沒收財產；數額特別巨大，國家和人民利益遭受特別重大損失的，處無期徒刑或者死刑，並處沒收財產。
多次貪汙未處理的，按照累計貪汙數額處罰。
犯第壹款之罪，在提起公訴前如實供述自己罪行，真誠悔罪，積極返還贓物，避免或者減少損害結果發生的。有第壹款規定情形的，可以從輕、減輕或者免除處罰；有第二項、第三項規定情形的，可以從輕處罰。
犯第壹款罪，有第三款規定的情形被判處緩刑的，人民法院可以根據犯罪情節，同時決定將其死刑緩期二年執行期滿後減為無期徒刑，不得減刑、假釋。