商品房預售合同的補充協議，只要是自願的，只要不違反法律，都是合法有效的。
商品房預售合同補充協議是否有效？
二、如何確定商品房預售合同的效力？
根據我國《城市房地產管理法》第四十四條規定，開發商預售商品房應當申請預售許可證，否則與購房人簽訂的預售合同無效，不受法律保護。
不符合《城市房地產管理法》第四十四條第壹款規定的前三項條件的開發商簽訂的預售商品房合同，應當確認無效，有利於保護中標人的合法權益，促使開發商依法規範開發和預售，維護整個房地產行業的長遠利益。
本案中，房屋預售合同應屬於效力待定的合同之壹。在這種合同中，如果雙方發生糾紛，但在起訴前，預售房屋開發商可以向房產管理部門申請補發，及時取得預售商品房許可證。合同的效力也應予以確認，這有利於保護雙方的合法權益和社會穩定。在商品房銷售中，部分開發商和購房人不了解預售商品房的要領，以至於簽訂合同時不能壹次性付清已完工的成品款，就簽訂了“預售房屋合同”。在這種情況下，應該根據實際情況。檢查開發商是否具備“五證”，即固定資產投資許可證、國有土地使用證、建設用地規劃許可證、建設工程規劃許可證、商品房銷售許可證。有“五證”的，應當確認商品房買賣合同有效。
三、商品房預售合同的法律問題
1.查看開發商是否具有開發資質或商品房預售許可證。購房者不僅要將自己喜歡的樓盤與其他條件類似的樓盤進行價格、地段、戶型、環境等方面的比較，還要重點考察開發商的開發項目的口碑、實力、基本情況等。除了這些必要的事前了解，購房者在買房前壹定要查看開發商的“五證”，主要包括:土地使用權證；建設工程規劃許可證；建設用地規劃許可證；工作證；商品房預售許可證。
2.註意房子的合法性。當買方購買房屋時，他期望獲得房屋的所有權。然而，在目前的房地產交易市場上，壹些開發商昧著良心，將壹些違規甚至違法建設的房屋賣給購房者，導致購房者購房後無法取得房地產產權證。所以購房者要特別註意這類房子。
3.註意限制開發商對預售房屋的土地使用權設定抵押。