根據相關法律法規的規定，用人單位與勞動者約定的勞動報酬標準不得低於當地人民政府規定的最低工資標準。所謂勞動報酬，是指除加班工資以外的已支付工資總額。法律、法規和國家規定的職工福利待遇。實行計件工資或者提成工資等工資形式的用人單位，在科學合理的勞動定額基礎上，支付勞動者的工資不得低於相應的最低工資標準。勞動者因自身原因未在法定工作時間或者依法簽訂的勞動合同約定的工作時間內提供正常勞動的，不適用本條規定。由此可見，用人單位提出法律法規和國家規定的勞動者福利待遇後，支付的工資不得低於當地最低工資標準。社保屬於國家規定的勞動者福利待遇，所以用人單位在扣除社保後支付的工資低於最低工資標準是違法的。
法律依據:
《中華人民共和國勞動法》第四十六條
工資分配應遵循按勞分配原則，實行同工同酬。工資水平在經濟發展的基礎上逐步提高。國家對工資總額實行宏觀調控。
第四十七條
用人單位應當根據本單位的生產經營特點和經濟效益，自主確定本單位的工資分配方式和工資水平。
第四十八條
國家實行最低工資保障制度。最低工資的具體標準由省、自治區、直轄市人民政府制定，報國務院備案。用人單位支付給勞動者的工資不得低於當地最低工資標準。