法律之所以規定分公司可以進行獨立核算，只是為了方便公司內部的獨立管理和經營活動的簡單快捷。如果公司願意讓分公司進行獨立核算，法律就不必否認。但當分公司沒有經濟補償能力或其他承擔能力時，公司必須繼續承擔。
1.根據《民事訴訟法》第四十九條公民、法人和其他組織可以作為民事訴訟的當事人。
2.《最高法院關於民事訴訟若幹問題的意見》解釋，民事訴訟法第四十九條規定的其他組織，是指依法設立，具有壹定組織機構和財產，但不具有法人資格的組織，包括:(1)(2)(3)(4)(5)法人依法設立並取得營業執照的分支機構；(6)(7)(8)(9)。
可見，分公司雖然不是法人，但也可以獨立參與起訴。如果分公司敗訴，分公司先承擔責任，不足部分由公司承擔。法律這樣規定是為了雙方的方便，因為雙方對糾紛最熟悉。
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獨立核算或非獨立核算屬於稅收法規範疇。壹般情況下是有義務在當地繳納流轉稅的，也就是需要註冊為獨立核算的分支機構。也就是說，在當地從事經營活動的，需要註冊為獨立核算。
分支機構在當地不從事經營活動，只負責聯絡、售後服務等業務，不涉及在當地繳納流轉稅，可以註冊為非獨立核算。
因此，判斷的關鍵是分支機構是否從事經營活動(銷售貨物或提供應稅勞務)，是否在當地繳納增值稅或營業稅。
分公司是非法人，不可能取得具有法人資格的營業執照。獨立核算或非獨立核算與此無關。營業執照中的經營範圍可以作為判斷是否在當地從事經營活動的依據。
獨立核算是“從屬核算”的對稱。對本單位的生產經營活動或預算執行過程及其結果進行全面系統的核算。有壹定資金量能辦理對外結算、能獨立編制計劃、能單獨核算盈虧的企業，壹般實行獨立核算。
實行獨立核算的單位稱為“獨立核算單位”。獨立核算單位通常設置單獨的會計機構，配備必要的會計人員，有完整的會計工作組織體系，包括所使用的會計科目、會計憑證和會計賬簿、應編制的會計報表、分析檢查的方法和程序等。
建築企業壹般以公司為獨立核算單位；工區(辦事處)廠、站或施工隊是內部獨立核算單位。內部獨立核算單元所屬的施工隊、車間為內部核算單元。
參考資料:
百度百科-獨立核算