然而，刑事追償權的行使主體在理論界曾壹度混亂，特別是在刑事訴訟法確立了審判有罪原則後，司法實踐中的認識也出現了偏差。有人從定罪主體的唯壹性推導出刑事追償主體的唯壹性，認為只有人民法院才是定罪和刑事追償的唯壹主體。這種理解完全把定罪量刑等同於追繳違法所得。在大多數情況下，兩者是同步的，但也不排除在某些情況下的差異。比如人民法院不能定罪或者不追究刑事責任時，違法所得是否需要追繳？這種理解也混淆了回收和處置的界限。追繳作為壹項綜合性的司法活動，包括對物采取查封、扣押、凍結、搜查、扣劃等強制措施，追繳本身不涉及違法所得的最終處置。違法所得原則上予以沒收，上繳國庫；返還被害人的合法財產；對於非違法所得，退還被告人(被拘留人)或執行財產刑；對於違禁品，按照有關規定辦理。因此，刑事訴訟法明確要求追繳的贓款贓物，除非作為證據使用，否則應當及時返還被害人，這符合我國刑法的立法精神和我國刑事訴訟的傳統做法。這種認識會導致被害人的財產權益得不到保護。人民法院每年如何處理上百萬的違法所得案件？這種情況必然影響司法判決的既判力和權威性。案件不僅執行難而且壹審難，刑事追償更是壹句空話。在犯罪率上升、訴訟案件增多的今天，追求訴訟效率也具有重要的價值，各國越來越多地運用“程序分流”來處理具體的刑事案件就可以證明這壹點。
刑事追償和刑事執行也有壹些區別。壹般來說，追繳是偵查機關、檢查機關、審判機關在判決前的壹項司法活動，應當在刑事判決時結束，因為追繳或者退賠可以作為人民法院量刑的情節之壹。判決壹旦作出，刑事追繳就轉化為執行判決。司法實踐中，人們習慣稱之為判決執行後的追償。違法所得的執行實際上是刑事追繳的壹個特殊階段，兩者的適用法律並不完全相同。盛行的追繳主要適用刑法，而執行除了刑法之外還要參照適用的民法，甚至主要適用民法。當然，由於我國目前對追償的含義沒有明確區分，實體法、程序法、司法解釋都是隨便用的，有時在同壹部法律中還夾雜著執行。