現代證券市場有大量的投資者參與證券交易，每天的交易數量和金額都非常大。如果不實行分級結算制度，證券登記結算機構將直接面對成千上萬的投資者進行結算，效率低、成本高、風險大，不能適應現代證券市場快速發展的需要。因此，現代證券交易普遍實行“分級結算”制度。這是實現證券結算效率和安全目標的必然選擇，也是國際證券市場的通行做法。
在證券交易分級結算制度下，證券登記結算機構面臨的結算對手數量大大減少，只需負責與結算參與人的壹級結算，各結算參與人負責與其客戶的二級結算。分級結算提高了結算效率，也有助於結算機構控制交割違約風險。同時，在分級結算制度的基礎上，證券登記結算機構可以以結算參與人為單位組織多邊凈額結算，簡化結算參與人的結算流程，減少參與人資金和證券的實際結算量，大幅提高結算效率；也減少了結算參與人在結算系統中占用的資金量，提高了資金的使用效率。
在分級結算制度下，只有取得證券登記結算機構結算參與人資格的證券機構才能直接進入登記結算系統參與結算業務。普通投資者不能直接進入登記結算系統，只能通過結算參與人辦理證券結算業務。證券登記結算機構通過實施結算參與人準入制度，制定風險控制和財務指標要求，可以更有效地控制結算風險，維護結算系統安全。