1，應用。申請人向行政服務中心專門窗口提出申請，提交申請材料；
2.接受。連接器受理人員對申請材料進行核實，並在1個工作日內做出受理決定。申請人符合申請資格，且材料齊全、格式規範、符合法定形式的，出具《交通行政許可受理通知書》；對不符合法定形式或者材料不齊全的，出具《交通行政許可申請補正通知書》。不符合受理條件的，在5個工作日內出具《交通行政許可不予受理通知書》。申請人材料不符合要求但可以當場補正的，退回當場補正後予以受理；
3.審查決定。市港口管理部門應當在9個工作日內作出審查決定。準予許可的，頒發港口經營許可證；不予許可的，應當出具《不予交通行政許可決定書》；
4.得到結果。申請人應按約定方式到行政服務中心專門窗口領取辦理結果。
辦理港口經營許可證所需材料:
1，港口業務應用；
2、港口碼頭固定設施符合國家要求的竣工驗收證明；
3、使用岸線、港口岸線使用批準文件；
4.如提供拖輪服務，拖輪的有效證書和靠泊證明材料；
5、有與經營規模和範圍相適應的專業技術人員和管理人員。依法設立安全生產管理機構或者配備安全生產管理人員的證明材料，從事拖輪作業的海事和維修管理人員的證明材料；
6、固定的經營場所，以及與經營範圍和規模相適應的港口設施設備證明材料；
7.經專家認可的管理制度、安全管理制度和生產安全事故應急預案。
綜上所述，港口經營許可的辦理需要經歷申請、受理、審查決定、取得結果的過程。辦理時要提前準備好相關資料。
法律依據:
《港口經營管理規定》第十條
申請港口經營，申請人應當向港口行政管理部門提交申請書和第九條規定的有關文件、資料。港口行政管理部門應當自受理申請之日起20個工作日內作出批準或者不批準的決定。符合資質條件的，由港口行政管理部門頒發港口經營許可證，並通過信息網絡或者報紙公布；不符合條件的，不予行政許可，並書面告知申請人不予許可的決定及理由。港口經營許可證應當載明港口經營人的名稱和辦公地址、法定代表人或者負責人、經營項目、經營區域、主要設施設備、發證日期、許可證有效期和證書編號。
港口經營許可證的有效期為3年。