1.工程款結算爭議按以下方式解決:雙方協商解決；協商不成的，可以向有管轄權的人民法院提起訴訟。工程價款的結算按合同辦理。合同沒有約定或者約定不明確的，雙方可以依據國家有關法律、法規和規章協商解決。
2.法律依據:
建設工程價款結算暫行辦法
第十壹條
工程價款結算按合同辦理。合同沒有約定或者約定不明確的，雙方應當按照下列規定對文件進行協商:
(壹)國家有關法律、法規和規章；
(二)國務院建設行政主管部門、省、自治區、直轄市或有關部門頒布的工程造價計價標準、計價方法等有關規定；
(三)建設工程的合同、補充協議、變更簽證和現場簽證，以及承包單位認可的其他有效文件；
(四)其他可以依據的材料。
二、工程款糾紛有哪些？
1.發包人拖欠工程款糾紛。
這類違約糾紛的特點是工程款可以確定，所以這類糾紛的法律比較簡單。這類糾紛的主要原因是發包人無正當理由違約，主要表現為發包人無力支付工程款；發包人有支付能力，無故拖欠工程款。
2、關於總包、分包問題引起的工程糾紛。
這類糾紛的法律關系比較復雜。這類糾紛主要表現為承包人分包的程序性缺陷，發包人事後拒不承認分包合同的合法性，從而引發糾紛。
3、竣工結算報告糾紛引起的工程糾紛
這類糾紛主要表現為:承包人制作結算文件並提交給發包人，發包人在未取得提交結算文件證據的情況下，事後不予回復並拒絕承認收到；承包人應編制結算文件並提交給發包人，發包人不予回復；因承包人制作結算文件並提交給發包人不予認可而引起的結算爭議。
4.建築材料質量糾紛引發的工程款糾紛。
這種履約糾紛主要表現在以下幾個方面:建築工程投標時，對主要建築材料的質量有要求或承諾，但由於建材市場供求關系的影響，有時承包方轉向合同以外的其他建築材料，引起結算糾紛。
5.質量保證糾紛
這種糾紛主要表現在建築工程竣工後的維修事項上。承包商在保修期內履行了維修義務，但無法直接取證。發包人事後拒不承認維修事實，並以承包人未履行保修義務為由拒絕支付工程款，引發糾紛。
6.合同缺陷引起的工程款支付糾紛
因合同缺陷引發的工程款糾紛主要表現為:承包人未取得施工企業資質或無資質的實際施工人借用有資質的施工企業的名義簽訂施工合同，導致合同無效糾紛。
7、包括延期工程款的爭議。
這種糾紛比較復雜。糾紛主要表現在發包人未提供合格的施工進場條件、中途擅自變更設計、未按工程進度支付進度款、未及時供應施工材料導致停工、窩工、惡劣天氣等。承包人要求延長工期未得到有效確認，發包人要求承包人在工程竣工結算方面承擔工期延誤的責任，往往使案件更加復雜。
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