處理工程糾紛的最佳方式如下:
1.以連帶責任制度對農民工工資給予特殊保護；
2.根據不同情況計算拖欠工程款的應計利息；
3.拖欠工程款可以順延工期，但承包人必須提前發出書面催款通知；
4.發包人逾期未回復承包人提交的結算報告，視為已確認；
5.成本鑒定應當依法有序進行，人民法院應當嚴格控制和審查鑒定結論。
工程糾紛可以找的部門:工程糾紛應該找勞動或者司法部門，比如公安局，人民法院。施工企業只有在項目法人的投資人已經投資到位的情況下，才能以項目法人為被告。《法制快報》提醒，法律規定，對於施工單位引起的糾紛，受害人可以依照民事訴訟法的規定向法院提起民事訴訟。
如何避免工程糾紛的發生？
工程糾紛可以通過以下方式避免:
1.嚴格招投標和承包程序，優化施工單位，嚴格控制分包和轉包。
2.加強建設前期的項目管理，做好充足的投入，確保80%以上集中使用的資金存入銀行專款專用。
3.加強合同和資料管理，簽訂協議時盡量使用規範的合同示範文本，認真推敲附加條款，咨詢相關專家，請其指導。
4.嚴格審核工程變更。嚴禁通過設計變更擴大建設規模、增加項目內容、提高建設標準。對於必須變更的，首先要分析工程量和費用的增減情況。
5.加強隱蔽工程檢查驗收，完善隱蔽工程現場簽證手續。
6.及時解決項目中的索賠問題。
7.結算時，力求不漏算，定好定額，不亂收費，委托有資質的造價咨詢機構結算，委托有資質的造價工程師主持結算工作。
法律依據:
民事訴訟法
第二十四條因合同糾紛提起的訴訟，由被告住所地或者合同履行地人民法院管轄。
第三十六條兩個以上人民法院都有管轄權的訴訟，原告可以向其中壹個人民法院起訴。原告向兩個以上有管轄權的人民法院提起訴訟的，由最先立案的人民法院管轄。
民事訴訟法第119條規定，起訴必須符合下列條件:
(壹)原告是與本案有直接利害關系的公民、法人和其他組織；
(二)有明確的被告；
(三)有具體的請求、事實和理由；
(四)屬於人民法院受理的民事訴訟範圍，由被訴人民法院管轄。