法律分析
根據相關法律規定，原則上用人單位不得克扣勞動者工資，除非勞動者給用人單位造成了實際經濟損失，或者按照規章制度的規定，用人單位可以對勞動者進行經濟處罰。如果用人單位的規章制度沒有違反法律法規的規定，損害勞動者的權益，那麽違反公司規定克扣工資並不違法。公司考核1000元以上是不合法的，1000元以上是員工的工資，占45%。如果扣這麽多錢，法律上不允許只直接影響勞動者的生活。考核本身就是驗證工人工作的壹種方式，扣工人那麽多錢不合法。公司無正當理由克扣員工工資是違法的。扣除的富余工資低於當地月最低工資標準的，按照最低工資標準支付。因勞動者自身原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可以要求其按照勞動合同約定賠償經濟損失。經濟損失賠償可從員工本人工資中扣除。但每月扣除額不得超過員工當月工資的20%。扣除後剩余工資低於當地月最低工資標準的，按照最低工資標準支付。用人單位無正當理由單方面辭退的，需要支付雙倍賠償金。
法律依據
《中華人民共和國勞動法》第八十五條縣級以上人民政府勞動行政部門依法對用人單位遵守勞動法律、法規的情況進行監督檢查，有權制止違反勞動法律、法規的行為，並責令改正。工資支付暫行規定第壹條為了維護勞動者通過勞動獲得報酬的權利，規範用人單位的工資支付行為，根據《中華人民共和國勞動法》的有關規定，制定本規定。《NPC常務委員會關於修改〈中華人民共和國工會法〉的決定》第二十條、第二十壹條改為第二十二條，修改為:“企業、事業單位違反勞動法律、法規的規定，有下列侵犯職工勞動權益行為之壹的，工會應當代表職工與企業、事業單位進行協商，要求企業、事業單位采取措施予以糾正；企業、事業單位應當研究處理並向工會答復；企業事業單位拒不改正的，工會可以請求當地人民政府依法處理: (壹)克扣職工工資；(二)未提供勞動安全衛生條件的；(三)隨意延長工作時間的；(四)侵犯女職工和未成年工特殊權益的；(五)其他嚴重侵犯職工勞動權益的。"