首先，公司的扣款制度應符合《中華人民共和國勞動法》等相關法律法規的規定。比如公司不能隨意克扣員工工資，必須遵守國家關於最低工資標準、工資支付期限、工資支付方式等規定。此外，扣款制度應當明確、合理、公平，不得違反公序良俗或侵害員工合法權益。
其次，公司的扣款制度需要通過法定程序制定和公示。壹般來說，扣分制度應由公司管理層制定，經員工代表或工會討論通過，並在公司內部公示，以確保員工理解並遵守制度。如果公司沒有通過法定程序制定扣款制度，或者沒有向員工公示該制度，那麽該制度就可能被認為是不合法的。
最後需要註意的是，即使公司的扣款制度符合相關法律法規，並通過法定程序制定和公示，但在實際操作中仍需註意合法合規。比如公司扣錢前要征得員工同意，保留相關證據；扣除的金額要合理，不能超過員工的承受能力；扣款方式應當合法合規，不得侵犯員工隱私或者財產權利。
總而言之:
公司的扣款制度是否合法，需要根據具體情況來判斷。公司應遵守相關法律法規的規定，制定合理、公正、合法的扣除制度，並確保該制度通過法定程序制定和公示。在實際操作中，公司也需要註意合法合規，保障員工的合法權益。
法律依據:
中華人民共和國勞動法
第50條規定:
工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資。
中華人民共和國勞動合同法
第30條規定:
用人單位應當嚴格執行勞動定額標準，不得強迫或者變相強迫勞動者加班。用人單位安排加班的，應當按照國家有關規定向勞動者支付加班工資。
工資支付暫行規定
第15條規定:
用人單位不得克扣勞動者的工資。有下列情形之壹的，用人單位可以扣繳勞動者工資:
(壹)由用人單位代扣代繳的個人所得稅；
(二)由用人單位代扣代繳、由勞動者個人承擔的社會保險費；
(三)法院判決、裁定要求扣繳的贍養費、扶養費；
(四)法律法規規定可以從勞動者工資中扣除的其他費用。