(1)責任不清
說明不同部門之間、政府與供水企業之間、消費者與供水企業之間的法律主體法律地位不清，法律責任難以認定。比如，我國的水源管理由環保部門負責，水量管理由水利部負責，供水設施和管網由住建部管理，水質保障由國家衛生計生委監管，容易形成“多龍治水”的現象。從近年來日益嚴重的突發性水汙染事件的勢頭沒有被制止的事實，可以反映出這種合作監管模式本身存在明顯的缺陷。
(2)監管不力
城市供水行業引入市場機制後，投資者或經營主體多元化，供水企業包括國有、民營和外資，而相應的特許經營監管機制相對落後。壹方面，傳統的管理模式已經不能滿足當前供水行業發展的需要；另壹方面，主管部門對引進的外資和民營企業基本上失去了法律約束和管理控制。
(3)應急機制不完善
目前，由於缺乏完善的飲用水水源地安全保障體系和機制，往往是在突發水汙染事件後，啟動環保、水務、海事等部門主要負責，衛生、建設、交通、公安等部門共同協作的應急救援機制，突出了疲於應對、治標不治本的結果。
由於部分地下水飲用水源地管理缺乏組織保障，許多水源地尚未建立管理機構，水源地管理職能分散在各部門，缺乏統壹協調，主管部門定位不清。而且目前地下水飲用水源地的管理主要包括水量調控和水汙染防治兩部分，缺乏生態保護、汙染事故應急管理和管理監督考核等必要的管理職能。同時，水源管理人員素質低、管理設備不足、行政經費短缺等問題都影響了地下水飲用水源地的環境管理質量(劉崧，2013)。