大理的意思是天官貴人的監獄，所以能被大理寺巡查押解入監的人絕對不是普通官員。但大理寺要辦案，必須報刑部審核。如果遇到大案，往往是三個部門聯合審理。所謂三部，是指大理寺、刑部、禦史部。雖然最後的決定是由犯罪部做出的，但如果寺廟不同意，就必須向皇帝報告，由皇帝自己做出決定。在明清時期，三個司法機構負責審理重大案件。三大司法機關是大理寺、刑部、朝廷。
大理寺雖然地位不是特別高，但還是可以參與政治討論的。大理寺的主要職責是審核全國各地的案件。每年國家案件都會定期送到大理寺復查，所以大理寺的工作並不輕松。大理寺必須拒絕任何背離法律的定罪。有冤案不公，必須詳細說明情況，而不是誣陷無辜。起初，壹些地方官員擁有太多的司法權，掌握著生殺大權，導致壹些人利用手中的權力繼續制造冤假錯案。後來為了制衡這些官員的權力，減少冤假錯案，設立了大理寺，審查各類案件，防止冤假錯案的發生。
刑罰由刑事部門決定，所有督察都是監督者。大理寺有能力反駁這種懲罰。只要刑部不同意大理寺的說法，就可以反駁，這樣案子只能交給皇帝，由皇帝自己決定。在皇帝至上的時代，這個制度是比較健全的，但是如果皇帝是昏君，那麽法制肯定是要被打破的。雖然古代的法制是靠所謂的三司來維持的，但是真正有決定權的還是皇帝。