由於公司治理結構不規範，違規成本低，與企業財務狀況密切相關的風險預警處於空白狀態。
壹些企業為了達到低成本融資的目的，在壹定程度上修改披露的財務數據和經營業績，隱藏了壹定的信用風險。
如果不及時發現和披露現有制度安排中隱藏的信用風險，壹旦市場擴大或經濟環境發生變化，信用風險就會迅速擴大。
少數企業違約的信用風險可能通過市場傳導至系統風險，甚至影響整個金融體系的穩定。
(二)滾動發行機制隱含著“長期使用短期債務”的投資風險
按照現行規定，人民銀行對企業發行的融資券余額進行管理，監管部門只需要控制融資券余額不超過企業凈資產的40%即可。
這使得壹些企業可以繞過中長期公司債的限制，通過滾動短期融資券進行長期融資。
由於缺乏監管，很難避免企業將通過短期債務整合的資金作為長期投資。
任何中長期投資項目都面臨著市場、技術和產品的風險。隨著短期融資券規模的擴大，隱含的投資風險將不斷增加。
(3)短期融資券的風險可能轉移給銀行。
這主要體現在三個方面:壹是隱性擔保的潛在風險。
短期融資券是無擔保信用債券。很多企業把銀行授信額度作為提高償付能力的條件，主承銷銀行心甘情願地為自身利益提供隱性擔保。
壹旦發生違約風險，企業的信用風險就可能轉移和積累到銀行。
二是銀行自己買賣短期融資券，容易產生泡沫，造成短期融資券異常“火爆”的假象。
壹旦個別企業出現兌付風險，必然導致投資者對同信用等級的短期融資券產生質疑，可能導致大規模拋售，金融機構持有的短期融資券價值迅速下降。
如果銀行將短期融資券作為流動性的重要工具，必然導致銀行體系流動性風險的爆發。
第三，銀行競相承銷短期融資券，互相挖客戶，容易產生道德風險和違規風險。
(四)信用評級不成熟，道德風險增加
突出表現為評級缺乏時效性，使得短期融資券評級出現終身化傾向；評級方法落後，大多采用長期債券的評級方法，沒有短期債券的特點；評級標準不統壹；監管主體缺位，至今沒有明確的評級機構監管部門，相關法律法規不健全。
為促進短期融資券市場健康發展，需要建立和完善發行人財務會計指標披露制度，加強風險預警，提高機構投資者識別和防範風險的能力，確定購買短期融資券的有限比例。
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