1，他們有不同的目的。履約保證金是證明合同的成立，保證合同的履行；工程預付款是為了解決承包商進場施工準備和材料設備采購中的財務問題；
2.性質不同。履約保證金是壹種擔保形式，是壹種法律行為；工程預付款是合同雙方約定的行為，不是法律行為而是慣例；
3.治療方法不同。履約保證金根據合同的履行情況有不同的法律後果:合同正常履行的，履約保證金按期返還；不履行合同，雙方都沒有過錯，履約保證金退還；如果付款方不履行或不完全履行合同，視情節輕重，收款方可收取部分甚至全部履約保證金；如果接收方不履行或部分違約，將根據上述情況雙倍返還部分甚至全部履約保證金；
4.支付和收取的對象是不同的。履約保證金由承包商支付，業主收取；另壹方面，工程預付款由業主支付，承包商收取。
《中華人民共和國招標投標法》第四十六條招標人和中標人應當自中標通知書發出之日起30日內，按照招標文件和中標人的投標文件訂立書面合同。招標人和中標人不得訂立背離合同實質性內容的其他協議。
招標文件要求中標人提交履約保證金的，中標人應當提交。
第六十條中標人不履行與招標人簽訂的合同的，履約保證金不予退還，給招標人造成的損失超過履約保證金數額的，應當對超過部分予以賠償；未提交履約保證金的，應當對招標人的損失承擔責任。
中標人不按照與招標人訂立的合同履行義務，情節嚴重的，取消並公告其二至五年內參加依法必須進行招標的項目的投標資格，直至由工商行政管理部門吊銷營業執照。
因不可抗力不能履行合同的，不適用前兩款的規定。
《建設工程價款結算暫行辦法》第七條發包人和承包人應當在合同條款中約定建設工程價款結算的下列事項:
(壹)預付工程款的金額、支付期限和扣除方式；
(二)工程進度款的支付方式、金額和期限；
(三)工程施工發生變更時，工程價款的調整方法、索賠方法、期限和支付方式；
(四)工程價格爭議的解決方式；
(五)約定的風險範圍和幅度以及超出約定範圍和幅度的調整措施；
(六)工程竣工價款的結算支付方式、金額和期限；
(七)工程質量保證(保修)金的數額、預提方式和期限；
(八)安全措施費和意外保險費；
(九)工期提前或延誤的獎罰措施；
(10)與履行合同和支付價款有關的擔保。