運費拖欠的訴訟程序如下:
1，起訴，即向有管轄權的法院提起申訴。
2.立案審查
3.安排開庭的，應當提前三日通知當事人開庭時間、地點，承辦人公開審理的案件應當提前三日公告。
4.開庭
(1)法庭調查:當事人陳述案件事實。
(2)舉證、質證:告知證人權利義務，證人出庭作證，宣讀未到庭證人證言，出示書證、物證、視聽資料，雙方當事人對證據材料發表意見。
(3)法庭辯論:當事人就爭議的事實和法律問題進行辯論和論證。
(4)法院調解:在法院的主持下，當事人同意解決糾紛。
同意判決，當事人自動履行判決文書確定的義務或者申請執行不同意判決，需要根據情況區別對待:
裁定:自送達之日起10日內向高級人民法院上訴。
判決:自送達之日起15日內向高級人民法院上訴。
法律依據:《中華人民共和國民事訴訟法》
第壹百二十三條人民法院應當保障當事人依法享有的起訴權。符合本法第壹百壹十九條的訴訟，必須受理。符合起訴條件的，應當在七日內立案，並通知當事人；不符合起訴條件的，應當在七日內作出裁定，不予受理；如果原告不服裁決，可以上訴。
(壹)依照行政訴訟法的規定，屬於行政訴訟受案範圍的，人民法院應當告知原告提起行政訴訟；(2)依照法律規定，雙方達成書面仲裁協議申請仲裁，不能向人民法院提起訴訟的，告知原告向仲裁機構申請仲裁；(三)依法應當由其他機關處理的爭議，告知原告向有關機關申請解決；(四)對不屬於本院管轄的案件，告知原告向有管轄權的人民法院起訴；(五)對判決、裁定、調解書已經發生法律效力的案件，當事人提起訴訟的，應當告知原告申請再審，但人民法院裁定準許撤訴的除外；(六)依法在壹定期限內不能起訴的案件，不予受理；(七)不準離婚、調解的案件，判決、調解維持收養關系的案件，沒有新的情況、新的理由，原告在六個月內提起訴訟的，不予受理。
第壹百二十五條人民法院應當在立案之日起五日內將起訴狀副本發送被告，被告應當在收到起訴狀之日起十五日內提交答辯狀。答辯書應當寫明被告人的姓名、性別、年齡、民族、職業、工作單位、住所和聯系方式；法人或者其他組織的名稱、住所和法定代表人或者主要負責人的姓名、職務、聯系方式。人民法院應當在收到答辯狀之日起五日內將答辯狀副本發送原告。被告不提交答辯狀的，不影響人民法院的審理。