交付執行自由刑是指人民法院將已經生效的刑事判決書交付有關執行機關執行刑罰的活動，包括三個方面:壹是人民法院將已經生效的刑事判決書等法律文書送交公安機關；二是公安機關將符合法定條件的罪犯送往監獄或者其他執行機關；三是監獄矯正機構依法收押罪犯，對罪犯執行刑罰。目前交付執行主要在交付執行主體和刑罰執行機關之間運作，檢察機關缺乏必要的介入程序。
(1)交付給執行機構和截止日期不明確。根據《刑事訴訟法》第213條的規定，人民法院是交付執行自由刑的機關。兩個以上人民法院參與審理的案件，如上訴案件，由哪個法院移交執行機關？由於法律沒有明確規定，壹、二審法院和審批法院在交付執行問題上相互推諉，難以追究延遲交付執行的責任。另外，法律沒有規定具體的交付執行期限，導致壹些法院隨意拖延交付執行時間。
(二)人民法院未及時送達和執行法律文書的。根據有關規定，刑事判決發生法律效力後，人民法院應當及時將有關法律文書送達執行機關。但在司法實踐中，壹些法院未能及時交付執行，甚至對被判處緩刑、管制、剝奪政治權利、暫予監外執行的罪犯長期不交付執行，延長了看守所羈押期限，導致留在看守所的犯人增加，不利於看守所的管理和穩定。刑事判決生效前被取保候審、監視居住的罪犯，判決生效後需要收監執行的，人民法院不能及時將其收監執行。
(3)公安機關不能及時將罪犯送進監獄。《監獄法》第15條規定，人民法院應當將執行通知書、判決書送達被判處徒刑的罪犯所羈押的公安機關，公安機關應當自收到執行通知書、判決書之日起壹個月內將罪犯送監獄執行。司法實踐中，公安機關對已定罪的罪犯服刑隨意性大，在接到相關法律文書後不能在法定期限內將罪犯收監；個別看守所，為了照顧人情關系或利益驅動，以“工作特殊需要”[8]為借口，違反規定關押被判處壹年以上有期徒刑的罪犯。
(4)監獄任意擴大拒不收監罪犯的範圍。根據《監獄法》的規定，監獄在收監時，發現法律文書不全或者錯誤的，或者發現罪犯患有嚴重疾病，經醫學檢查需要假釋的，或者罪犯正在哺乳自己的嬰兒的，可以拒絕收監。但在實踐中，監獄從自身利益出發，拒絕接收患有輕微疾病、輕微殘疾、年老體弱的罪犯；甚至在罪犯收監體檢時，僅僅因為親屬提供的虛假病歷就拒絕收監，使得壹些本應收監的罪犯無法及時收監。