兩者都是勞動法調整形成的法律關系，兩者關系密切:(1)勞動者和用人單位都是勞動法律關系的當事人，都是勞動行政法律關系的勞動行政相對人，因此同時享有和承擔這兩種法律關系中的權利(權力)和義務。(2)勞動法律關系和勞動行政法律關系在內容上應當協調。其中，國家意誌主導的勞動行政法律關系的內容要註意體現勞動法律關系主體的自主意誌；但是，側重於勞動者和用人單位自主意誌的勞動法律關系的內容，不應違背勞動行政法律關系所包含的國家意誌。只有這樣，勞動者和用人單位才能實現壹種法律關系的權利和義務，而不影響另壹種法律關系的權利和義務的實現。(3)勞動行政法律關系與勞動法律關系並存，其運行應符合勞動法律關系的本質要求，對勞動法律關系的正常運行和發展起到保護、協調和促進作用。
兩者在勞動法中被賦予了不同的法律屬性，壹個是合同法律關系，壹個是行政法律關系。主要區別有:(1)勞動法律關系是微觀領域的法律關系；勞動行政法律關系是宏觀領域的法律關系。(2)勞動法律關系雙方之間，存在勞動者是用人單位雇員的身份隸屬關系；在勞動行政法律關系的雙方當事人之間，勞動行政相對人不是勞動行政主體的成員，而是獨立於勞動行政主體的主體。(3)勞動法律關系具有平等和從屬的特點；勞動行政法律關系純屬從屬關系。(4)勞動法律關系主體、內容和客體的確定，在壹定程度上是雙方雙向選擇和協商壹致的結果，而勞動行政法律關系的主體、內容和客體都是由勞動法律法規事先確定的，當事人壹般沒有自由選擇和協商的余地。