第四十條違反本條例第十二條第壹款規定，港口建設項目初步設計和施工圖設計未經批準，建設單位開工建設的，由省人民政府交通行政主管部門或者設區的市港口行政管理部門責令限期補辦手續，可以處65438萬元以上3萬元以下罰款。
第四十壹條違反本條例第十五條規定，建設單位未修復損壞的港口基礎設施的，由當地市、縣港口行政管理部門責令其限期改正；逾期不改正的，由市、縣港口行政管理部門組織修復，所需費用由建設單位承擔。
第四十二條違反本條例第二十條第壹款規定，未經批準改變港口岸線使用範圍和功能的，由省港口管理機構或者市、縣港口行政管理部門責令限期改正，可以處65438萬元以上5萬元以下罰款；情節嚴重的，由作出行政許可決定的行政機關依法吊銷其港口岸線使用證。
違反本條例第二十條第二款規定，未經批準轉讓港口岸線使用權的，由省港口管理機構或者市、縣港口行政管理部門責令限期改正，沒收違法所得；情節嚴重的，由作出行政許可決定的行政機關依法吊銷其港口岸線使用證。
第四十三條違反本條例第二十壹條第壹款規定，未經批準臨時使用港口岸線的，由市、縣港口行政管理部門責令限期改正，可以處65438萬元以上5萬元以下罰款。
違反本條例第二十壹條第二款、第三款規定，在臨時港口線路上修建永久性建築物、構築物和其他設施，或者臨時設施使用期滿後未按照規定拆除的，由市、縣港口行政管理部門責令限期拆除；逾期不拆除的，申請人民法院強制拆除，並處5000元以上2萬元以下罰款。
第四十四條違反本條例第二十六條規定，港口經營人超過船舶、車輛核定載質量的，由市、縣港口行政管理部門責令改正，可以處654.38萬元以上3萬元以下罰款。
第四十五條違反本條例第二十七條，未按照規定足額繳納港口費的，由市、縣港口行政管理部門責令限期繳納；逾期不繳納的，可以申請人民法院強制執行。
第四十六條違反本條例規定，省人民政府交通行政主管部門、省港口管理機構和市縣港口行政管理部門未依法履行職責，有下列行為之壹的，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員依法給予處分:
(壹)未依法編制或者修改港口規劃的；
(二)違法實施港口管理行政許可的；
(三)不依法履行監督檢查職責的；
(四)索取或者收受他人財物或者謀取其他利益的；
(五)其他濫用職權、徇私舞弊、玩忽職守的行為。